In Esilio sule a Trieste dove stabilisce, sotto la protezione dell'imperatore d'Austria, la sede provvisoria dell'Ordine, Fra' Ferdinando von Hompesch invia alle grandi potenze una protesta per il tradimento di Napoleone. Il generale ha violato apertamente la neutralitá di Malta ed egli afferma di ritenere sempre valida la sua sovranitá sull'isola che gli é stata tolta con la forza. Contro il sopruso protestó anche il re di Napoli e Sicilia, ma tutto restó come prima. Il comportamento dei francesi indurrá peró ben presto i maltesi a ribellarsi, consentendo cosí alle potenze europee di intervenire. Il comando delle operazioni sará assunto dagli inglesi che, alla fine, occuperanno l'isola impadronendosene. Intanto, come era facile prevedere, la perdita di Malta ebbe pesanti ripercussioni tra i membri dell'Ordine. I Cavalieri del Gran Priorato di Russia e quelli polacchi dichiararono decaduto von Hompesch e il 7 novembre del 1798 elessero Gran Maestro lo Zar Paolo I. Una situazione che mise la Santa Sede in grande difficoltá. Il Pontefice romano non poteva accettare che un solo Gran Priorato, in maniera assolutamente contraria a qualsiasi regola canonica, deponesse il capo dell'Ordine di San Giovanni addirittura prima che il predecessore avesse abdicato. A questo andava aggiunto che, oltre a non essere cattolico, Paolo I era sposato. Pio VI rifiutó energicamene di riconoscere il sovrano come Gran Maestro anche se, minacciato da Napolcone, vedeva nell'impero russo un possibile alleato. Intanto, convinto dalla corte di Vienna che aveva bisogno dell'aiuto russo, il 6 luglio del 1799 von Hompesch abdicava. Un passo importante poiché, anche se non «dejure», Paolo I diveniva Gran Maestro «de facto». Benché ortodosso, lo Zar rispettó la cattolicitá dell'Ordine sotto tutti gli aspetti e in un momento storico cosí confuso e difficile come quello provocato dalle guerre napoleoniche, egli finí per salvare la continuitá storica della Milizia di San Giovanni. Ma nella notte tra l'11 e il 12 marzo del 1801, Paolo I veniva ucciso nel castello di Michajlovskij a Pietroburgo. Pur assicurando all'Ordine la sua protezione, il figlio Alessandro I non reclamó per sé il Gran Magistero e per eleggere il successore del padre, propose che ogni Lingua scegliesse nel suo seno alcuni candidati da sottoporre al Pontefice, al quale riconosceva il diritto di nominare il Gran Maestro. Una procedura insolita che, data la situazione, fu accettata anche dai firmatari del trattato di Amiens (1802) che aveva intanto previsto la restituzione di Malta ai Cavalieri. Il 9 febbraio del 1803, Pio VII nominó Gran Maestro Fra' Giovan Battista Tommasi al quale, da San Pietroburgo, lo Zar spedì le insegne che erano state di suo padre. Fissata la residenza a Messina, come primo atto Tommasi incaricó il suo Luogotenente di stabilire, con i rappresentanti delle potenze europee, la procedura per la riconsegna dell'isola. Le speranze dei Gerosolimitani di tornare nella loro antica patria si dimostreranno, peró, ben presto vane. Con il trattato di Parigi del 30 maggio del 1814, Malta fu definitivamente assegnata alla Gran Bretagna e a nulla valsero i reclami e le proteste presentase dai delegati dell'Ordine ai Congressi di Vienna e di Aquisgrana. Vano anche il tentativo fatto, al Congresso di Verona, di ottenere qualche altra isola. Nel 1805 moriva a Catania dove aveva trasferito il convento, il Gran Maestro Tommasi. A causa degli eventi bellici i rappresentanti delle diverse Lingue non riuscirono a riunirsi e il Papa autorizzó il Consiglio Compito a eleggere, a norma delle Costituzioni, un Luogotenente di Gran Maestro. Ancora anni difficili, alla ricerca di una sistemazione decorosa. Ma finalmente, dopo una breve parentesi a Ferrara, nel 1834 il Luogotenente Fra' Carlo Candida sceglieva come sede l'antico palazzo Malta a Roma che era stato la residenza del rappresentante della Religione presso il Romano Pontefice. Dopo tanto peregrinare, i Giovanniti approdavano nella capitale della Cristianitá, trovando la soluzione piú logica ai loro numerosi problemi. La maggior parte dei Priorati ormai non esisteva piú e centinaia di Cavalieri erano dispersi, senza guida, nelle varie nazioni. Era necessario riorganizzare al piú presto la loro azione e dimostrare la vitalitá di una istituzione che, pur non disponendo piú di un territorio, continuava ad essere riconosciuta come ente sovrano dalle potenze europee. Un lungo e complesso lavoro di ricostruzione attendeva gli uomini della bianca Croce Ottagona che avrebbero dovuto affrontare, ancora una volta, anni di fatiche e di impegno. Ma, come a Rodi e a Malta, anche nella Cittá Eterna i figli di San Giovanni sapranno raccogliere il glorioso vessillo della "Sacra Milizia" e riprendere il loro difficile cammino nella storia.