L'Ordre Souverain de Malte est un sujet de droit international public. La vie de l'Ordre est réglementée par une Charte Constitutionnelle et un code, qui furent réformés en 1997.
L'Ordre dispose de son propre gouvernement et d'une magistrature indépendante ; il entretient des relations diplomatiques bilatérales avec 92 Etats, des représentations auprès des principaux gouvernements européens et dispose du statut d'observateur permanent auprès des Nations Unies et de nombreuses organisations internationales. L'Ordre émet des passeports et des timbres ; il possède ses propres institutions publiques.
Le Grand Maître gouverne l'Ordre, assisté du Souverain Conseil qu'il préside et qui se compose des titulaires des quatre Hautes Charges (le Grand Commandeur, le Grand Chancelier, le Grand Hospitalier et le Receveur du Commun Trésor), ainsi que de six autres membres. Tous sont élus par le Chapitre Général parmi les Chevaliers profès et les Chevaliers en Obédience.

L'organisation de l'Ordre est fondée sur la division des trois pouvoirs.

- Le pouvoir législatif : il est exercé par le Chapitre Général, assemblée suprême des Chevaliers, pour tout ce qui concerne les questions constitutionnelles ; ainsi que par le Grand Maître et le Souverain Conseil pour les questions n'ayant pas trait à la Constitution.

- Le pouvoir exécutif est exercé par le Souverain Conseil, présidé par le Grand Maître et composé de dix Chevaliers élus par le Chapitre Général.

- Le pouvoir judiciaire est exercé par les Tribunaux d'appel et de première instance du Magistère, qui se composent de juges nommés par le Grand Maître et le Souverain Conseil parmi les membres de l'Ordre ayant des compétences particulières dans le domaine juridique.